Podobnie jak w przypadku wcześniejszych odsłon naszym zadaniem jest zarządzanie bananową republiką w taki sposób, by jak najdłużej utrzymać się przy władzy i zrealizować wyznaczone cele. W związku z tym musimy zabiegać o poparcie ludności, dbać o ekonomię, stawiać kolejne budynki, nawiązywać sojusze z sąsiadami czy też tłumić w zarodku działania opozycji. Mimo iż rdzeń rozgrywki się nie zmienił, to deweloperzy wprowadzili kilka ciekawych usprawnień.
Po raz pierwszy w historii serii Tropico 6 pozwala na zabawę na dużym archipelagu, co oznacza, że musimy zarządzać nie jedną, a kilkoma wyspami w tym samym czasie. Wraz z tym rozwiązaniem pojawiły się nowe możliwości transportowe – gracze mogą budować mosty i tunele łączące ze sobą poszczególne lokacje. Mieszkańcy przemieszczają się pomiędzy nimi nie tylko własnymi samochodami, ale też korzystając z transportu zbiorowego: autobusów czy kolejek linowych.
Innym interesującym rozwiązaniem jest możliwość organizacji rajdów. Pozwalają one na wysyłanie agentów w różne zakątki świata w celu kradzieży technologii – w tym planów cennych budowli, np. Statui Wolności czy Wieży Eiffla. Jako El Presidente musimy mieć też cudowny pałac, który da się modernizować i upiększać, korzystając z rozmaitych dodatków przygotowanych przez twórców.
We wszystkich działaniach musi nas jednak wspierać lud. By zdobyć ich przychylność, można równie dobrze zadbać o w miarę wygodne życie, ale też rządzić żelazną ręką, przekształcając swój kraj w prawdziwe państwo policyjne. Najważniejsze, by mieć społeczeństwo za sobą wtedy, gdy tego potrzebujemy.
Wycofano się z wprowadzonej w Tropico 5 dynastii. Oznacza to, że gracz nie ma już do dyspozycji całego rodu. W czasie rozgrywki ma tylko jednego El Presidente, którego może swobodnie dostosowywać w czasie gry.